Muita gente tem dúvida a cerca do tema, muitos boatos, muitos rumores.
A verdade é que as Deep Web's, não são mais do que "redes não indexadas" (prefira usar este termo) pelos motores de busca.
O que isso quer dizer?
R.: Sites como Google, Bing, Yahoo, Yandex não listam essas redes por padrão (embora alguns serviços de proxy já fizeram naturalmente essas redes começaram a aparecer nos motores de busca), pois em geral, não conseguem acessar os sites/dominios delas devido à necessidade de usar softwares específicos para conseguir obter acesso.
A mais famosa das redes da "Deep Web" é a TOR (The Onion Router).
Existem outras bem conhecidas como a I2P e Freenet.
Em algumas dessas redes, é possível encontrar sites de pedofilia, pornografia infantil, comércio de drogas, armas, tráfico de pessoas e até sites que oferecem assassinos de aluguel. Embora haja todos esses problemas, as forças federais dos governos vêm realizando um combate eficiente contra os criadores e usuários desses sites e serviços.